Kuid point pole ainult Peterburi asumise koha müstikas. Loodusel endal on siin tume aura. Teadlaste arvates asub Põhja pealinn nelja tektoonilise plaadi ristumiskohas: ühelt poolt Balti kilp ja Vene plaat ning teiselt poolt kaks ulatuslikku loodesuunalist plaati.
Maapõue puuduste kohad on geopatogeensed. Maapõue geoloogilised vead põhjustavad tugevaid muutusi elektromagnetilise välja pinnal. Lisaks võib sellistes kohtades pinnale sattuda radoon, värvitu ja lõhnatu radioaktiivne monatomne gaas. Inimese kehas käivitab radoon selles patoloogilised protsessid, mis viivad kopsuvähini - seda peetakse teiseks sagedasemaks (pärast suitsetamist) teguriks, mis seda haigust provotseerib.
Arvatakse, et geopatogeensetes tsoonides elamine mõjutab negatiivselt inimese füüsilist ja vaimset tervist. Sellistes tsoonides elavad inimesed haigestuvad sagedamini, siin juhtub sageli õnnetusi, autoõnnetusi, inimtegevusest tingitud katastroofe jne. Peterburis elab geopatogeensetes tsoonides 20–40 protsenti linna elanikkonnast. Krasnoselski rajooni, Vasilievsky saari, Ozerki, Grazhdanka, Kupchino ja Neva jõe äärseid alasid peetakse geopatogeenseteks tsoonideks.
1995. aastal viisid teadlased E. K. Melnikov ja V. A. Rudnik läbi Graždanski prospekti piirkonnas meditsiinistatistika uuringu. Pärast polikliinikute ambulatoorsete kaartide uurimist leidsid nad, et mõnes kodus oli oodatav eluiga keskmisest oluliselt madalam ja esinemissagedus kõrgem. Haigestumuse kasvu täheldati südame isheemiatõve ja vähihaigete arvu suurenemise osas (Peterburi vähihaigete arvu tuhande elaniku kohta on Venemaa üldiselt üks liidreid). Teadlased on jõudnud järeldusele, et need majad asuvad just maapõue vigadel.
Kuid geopatogeensed tsoonid ei põhjusta teadlaste sõnul mitte ainult haigusi, vaid stimuleerivad ka inimese loomingulist aktiivsust ja ilmselt peetakse sel põhjusel Peterburi Venemaa kultuurpealinnaks ning elanike loominguline aktiivsus on siin alati olnud väga kõrge.
