Aruanne Peruus leitud muumiate koeproovide geneetilise analüüsi tulemuste kohta. See aruanne koostati 2018. aasta novembris.
Esinejad
- CEN4GEN laborid (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - proovi ettevalmistamine ja järjestamine.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mehhiko) - arvutiandmete analüüs.
Pärast eelnevat kvaliteedianalüüsi võeti seitsmest edasiseks analüüsiks esitatud proovist 3 proovi.
Proovid analüüsimiseks
| Määramine | algne nimi | Tingimuslik nimi | Pilt |
| Muinas-0002 | Kaelaluu Med istub 00-12 Victoria 4 | Victoria | Joonis 3.117 |
| Muinas-0003 | 1 käsi 001 | Eraldage käsi 3 sõrmega | Joonis 3.118 |
| Muinas-0004 | Momia 5 - DNA | Victoria | Joonis 3.117 |
Nende proovide jaoks teostati järgmised toimingud:
Reklaamvideo:
- DNA ekstraheerimine.
- DNA kvaliteedi kontroll.
- DNA paljunemine.
- DNA raamatukogu loomine.
- DNA järjestamine.
- Puhastatud järjestatud andmete moodustamine.
- Kvaliteedi kontroll.
- Esialgne analüüs DNA katmisega loeb inimese genoomi.
- Lühikese DNA eraldamise analüüs on iidsele DNA-le tüüpiline.
- Ancient0003 DNA ülekate loetakse olemasolevatest inimese genoomi raamatukogudest.
- Mitokondriaalne analüüs D-silmuse variantide ja muude informatiivsete saitide tuvastamiseks mitokondrite haplotüüpide määramiseks.
- Proovide soo määramine.
- Võimalike võõrorganismide identifitseerimine proovides.
- DNA andmebaaside analüüs sarnasuste tuvastamiseks tuntud organismidega.
Joonis 3.117. Proovide ekstraheerimine Victoria kaelast.
Proovides Ancient0004 ja Ancient0002 (Victoria) esinevate võimalike organismitüüpide väljaselgitamiseks viidi läbi genoomne DNA visand (Ondov jt, 2016), mille käigus võrreldi lühikeste fragmentide rühmi, k-meere, olemasolevate andmebaasidega. Kasutati tarkvara BBTools.
Testiti järgmisi organisme:
- Bakterid.
- Viirus.
- Plasmiidid.
- Faagid.
- Seened.
- Plastid.
- Diatomid.
- Inimlik.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: järgmiste genoomide silt:
- Klooroplast Lotus japonicus, täielik genoom.
- Canis lupus tuttav cOR9S3P haistmisretseptori perekonna 9 alamperekonna S pseudogeen (cOR9S3P) 25. kromosoomis.
- Vigna radiata mitokondrioon, täielik genoom.
- Kloroplast Millettia pinnata, täielik genoom.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, kogu genoomi haavlipüsside järjestus.
- Asinibacterium sp. OR53 karkass1, terve genoomi püssijärjestus.
- Bacillus firmus tüvi LK28 32, kogu genoomi haavlipüssjärjestus.
- Bupleurum falcatum kloroplast, täielik genoom.
- Alicycliphilus sp. B1, terve genoomi haavlipüssjärjestus.
- Bacillus litoralis tüvi C44 Scaffold1, terve genoomi haavlipüsside järjestus.
- Chryseobacterium takakiae tüvi DSM 26898, terve genoomi haavlipüssjärjestus.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans tüvi DSM 25387 Scaffold3, kogu genoomi haavlipüsside järjestus.
- Rhodospirillales'i bakter URHD0017, terve genoomi haavlipüssjärjestus.
- Bacillus onubensis tüvi 10J4 10J4_trimmed_contig_26, kogu genoomi haavlipüsside järjestus.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, terve genoomi haavlipüsside järjestus.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, kogu genoomi haavlipüsside järjestus.
-
Selgroogsed: järgmiste genoomide silt:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Algloomad.
Joonis 3.118. Kahe kolme sõrmega käe pilt ja radiograafia.
Pärast kõiki filtreid saadi 27974521 loendit Ancient0002 ja 304785398 loendit Ancient0004. See näitab, et 27% Ancient0002 proovi DNAst ja 90% Ancient0004 proovi DNAst ei ole võimalik olemasolevate andmebaaside analüüsitud organismide DNA proovidega tuvastada.
Analüüsi järgmine etapp viidi läbi tarkvara megahit v1.1.3 abil (Li jt, 2016). Saadi järgmine tulemus:
- Ancient0002: 60852 kontiigid, kokku 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, keskm. 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) kokku loetud.
- Ancient0003: 54273 kontiiti, kokku 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, keskm. 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) kokku loetud.
Analüüsi tulemus on näidatud joonisel.
Joonis 3.116. Klassifitseeritud lugemiste suhe 28073655 Ancient0002 loeb (ülemine graafik) ja 25084962 Ancient0004 loeb (alumine graafik), võrreldes 34904805 DNA alusega, mis esindab 1109518 taksonoomilist rühma.
Järeldus
Analüüsi tulemusel selgus, et proovid Ancient0002 ja Ancient0004 (Victoria) ei vasta inimese genoomile, samas kui Ancient0003 proov vastab hästi inimese genoomile.
Korotkov K. G kommentaar
Pange tähele, et kolme sõrmega käsi kuulus suurele olendile, kelle suurus oli võrreldav Mariaga, ja saadud tulemus vastab Maria DNA analüüsi tulemusele. Victoria on "väikeste olendite" esindaja ja tulemus näitab, et nende DNA ei ühti ühegi tänapäevase maise olendiga. Muidugi pole meil andmeid iidsete olendite kohta, mis on miljonite aastate jooksul kadunud.
Lingid
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., ja Zody, MC (2018). taxMaps: kõikehõlmav ja ülitäpne lühikese loetu teabe taksonoomiline klassifikatsioon mõistliku aja jooksul. Genome Research, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Võrreldes kolme iidse DNA ekstraheerimise meetodi toimivust suure jõudlusega sekveneerimiseks. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR ja Marth, GT (2012). ART: järgmise põlvkonna lugemissimulaator. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: kiire ja skaleeritav metagenoomide kokkupanija, mida juhib täiustatud metoodika ja kogukonna tavad. Methods, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., ja Phillippy, AM (2016). Mash: kiire genoomi ja metagenoomi kauguse hindamine MinHashi abil. Geenivaramu bioloogia, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Muistsete ja moodsate genoomide iseloomustamine SNP tuvastamise ning fülogenoomilise ja metagenoomilise analüüsi abil PALEOMIXi abil. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: pilves oleva inimese mitokondrite DNA järgmise põlvkonna järjestusandmete analüüs. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). Pirn: kiire ja täpne Illumina paarisotstarbeline re-reklaamide liitmine. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.
Materjalid, mille esitasid Konstantin Georgievich Korotkov (tehnikateaduste doktor, infotehnoloogia ülikooli mehaanika ja optika professor) ja Dmitri Vladislavovitš Galetsky (arstiteaduste kandidaat, I. P. Pavlov Peterburi Riiklik Meditsiiniülikool)
