Krüptograafia esimene teadaolev rakendus arvatakse olevat spetsiaalsete hieroglüüfide kasutamine umbes 4000 aastat tagasi Vana-Egiptuses. Krüptograafia elemente leidus juba Vana ja Kesk kuningriigi pealdistes, täiesti krüptotekste on teada juba alates XVIII dünastia perioodist. Pikograafiast tulenev hieroglüüfiline kirjutamine oli täis ideogramme ja hääletuse puudumise tõttu võimaldas mõistatuste põhimõttel luua fonogramme.
Egiptlaste krüptograafiat ei kasutatud lugemise keeruliseks muutmiseks, vaid tõenäolisemalt kirjatundjate sooviga vaimustuses ja leidlikkuses ületada teineteist ning juhtida ebatavalise ja salapärase abiga tähelepanu ka nende tekstidele. Üks illustreerivaid näiteid on aadli Khnumhotep II (XIX sajand eKr) ülistamise tekstid, mis leiti Beni Hasani piirkonnas hästi säilinud hauast nr BH 3.
Muistsed egiptlased kasutasid vähemalt kolme krüpteerimissüsteemi.
India iidsetes tekstides on 64 kunsti hulgas nimetatud teksti muutmise meetodeid, mõnda neist võib omistada krüptograafilistele. Mesopotaamiast pärit keraamika glasuuri valmistamise retseptiga tableti autor kasutas kirjutatu peitmiseks haruldasi nimetusi, jättis tähed vahele ja asendas nimed numbritega. Edaspidi on krüptograafia kasutamisele erinevaid viiteid, millest enamik on seotud kasutamisega sõjalistes asjades.
Foneetilise kirjutamise tulekuga lihtsustati kirjutamist kohe. Muistses semiidi tähestikus II aastatuhandel eKr oli ainult umbes 30 tähemärki. Nad tähistasid konsonante, aga ka mõningaid täishäälikuid ja silpe. Kirjutamise lihtsustamine tõi kaasa krüptograafia ja krüptimise arengu.
Krüptograafia kasutamise näiteid võib leida pühadest juudi raamatutest, sealhulgas prohvet Jeremija raamatust (6. sajand eKr), kus kasutati lihtsat krüpteerimismeetodit nimega atbash. Tähestiku esimese tähe asemel kirjutasid nad viimase, teise asemel - eelviimase jne.
Üks vanimaid teadaolevaid krüptograafilisi seadmeid on skitala, mida tuntakse ka kui "iidse Sparta šifrit". Skitala (või kreeka keeles σκυτάλη, võlukepp - scitala) on seade, mida kasutatakse permutatsiooni krüptimiseks. Skitala koosnes silindrist ja selle ümber spiraali keeratud kitsast pärgamendiribadest, millele oli kirjutatud teade. Selle seadme leiutasid spartalased ja seda on teadaolevalt kasutatud Sparta sõjas Ateena vastu 5. sajandi lõpul eKr. e.
