Rühm teadlasi saatis haridus- ja teadusministeeriumile, samuti vastavale dissertatsiooninõukogule apellatsioonkaebuse ühise dissertatsiooninõukogu otsuse D 999.073.04 peale, millega anti Pavel Khondzinskyle teoloogiakandidaadi teaduskraad (vastavalt nõukogu järeldusele), filosoofiateaduste kandidaadi teaduslik kraad (vastavalt autori abstraktsusele). Apellatsiooni tekst on avalikult kättesaadav.
Dokumendi autorid märgivad, et abstraktselt deklareeritud teaduslik kraad ja väitekirja tekst ei vasta kaitsmisele pärast loodud dokumentides märgitud kraadile: väitekirja kaitsmise ajal koosolekul osalenud väitekirja nõukogu liikmete nimekirjale ja väitekirja nõukogu järeldusele. 1. juunil, kui kaitsmine toimus, ei olnud ühtegi määrust, mis pakuks võimalust saada "teoloogiakandidaadi" aste, märgivad autorid.
Lisaks sellele teatatakse, et kümne päeva jooksul pärast dissertatsiooni nõukogu koosoleku toimumist ei avaldatud Internetis teavet avaliku kaitsmise tulemuste kohta ning postitatud dokumentide koostamise aeg oli märgitud valesti. Lõpuks rikuti dissertatsiooninõukogu töö käigus avalikkuse põhimõtet: koosolekule ei lubatud mitte ainult arutelust osa võtta soovivad isikud, vaid ka ajakirjanikud. Kaebajate arvates näitavad need faktid väitekirjade kaitsmise nõukogu praeguse määruse arvukaid rikkumisi.
Dokumendile kirjutasid alla Juri Panchin (Venemaa Teaduste Akadeemia teabe edastamise probleemide instituut), Vladimir Aleshin (A. N. Belozersky järgi nimetatud füüsikalise ja keemilise bioloogia teadusuuringute instituut, Moskva Riiklik Ülikool), Aleksander Kuznetsov ja Dmitri Shcherbakov (RELi paleontoloogiainstituut).
Väitekirja nõukogu andis Pavel Khondzinskyle teoloogiadoktori kraadi 1. juunil 2017. 22 volikogust hääletas 21 poolt (üks hääletussedel tunnistati kehtetuks, kuna see täideti valesti). Väitekirja teema on "18. sajandi vene teoloogia probleemide lahendamine Moskva metropoliidi Püha Philareti sünteesil". Hiljem kiitis nõukogu otsuse heaks haridus- ja teadusministeerium.
