Tailless DNA-d sisaldavaid bakteriofaage ei olnud võimalik standardmeetoditega tuvastada - kuid nüüd usuvad teadlased, et need domineerivad maailma ookeanides.
Iga tilk vett, mis pole merepinnast liiga sügaval, sisaldab umbes 10 miljonit viirust. Vaevalt on üllatav, et bioloogid avastavad pidevalt uusi, ehkki täiesti uue rühma avastamine on endiselt väga haruldane. Näib, et standardsed tehnikad lihtsalt ei lasknud neid märgata, ehkki selliseid viirusi osutus äärmiselt palju - võib-olla on nad laialt levinud mitte ainult ookeanis ja on lihtsalt teadlastest mööda hiilinud.
Martin Polz Massachusettsi tehnoloogiainstituudist ja tema kolleegid uurisid Atlandi ookeani Põhja-Ameerika rannikult võetud veeproove. Nad otsisid viirusi, mis sisaldavad kaheahelalist DNA-d - sellised viirused on eriti levinud, sealhulgas herpes, ja bakteriofaag T4 (Caudovirales), mis on kõigile tuttavad koolist. Merebakterite Vibrionaceae kultuure nakatades avastasid teadlased 200 erinevat DNA-viirust, millest 18 omistati uuele korrale Autolykiviridae. Nad kirjutavad sellest ajakirjas Nature avaldatud artiklis.
Grupi nimi viitab Kreeka mütoloogia kangelasele Autolycusele, salakaval vargale, keda on sama raske tabada kui neid viirusi. "Kõige tavalisemad viirused Maal on bakterid nakatavad viirused, mis sisaldavad kaheahelalist DNA-d," kirjutavad Poltz ja tema kaasautorid. „Sabaviirustega Caudovirales, mis domineerivad põllukultuuride andmebaasides ja kollektsioonides, ei esinda siiski nende esinemist keskkonnas. Tegelikult domineerivad veeproovides räpased viirused."
Autolykiviridae / MIT faagidega nakatunud bakterirakud, Kauffman jt, 2018.
Autolykiviridae "tailless" bakteriofaagid erinevad oma väikese genoomi suuruse poolest - ainult umbes 10 tuhat alust, 4-5 korda vähem kui "sabaga" sugulastel. Ebatavaline oli ka nende võime nakatada ja tappa bakterirakke. Kui katses katsetasid tavalised faagid reeglina ühte konkreetset vibriosiliiki, siis nakatusid need keskmiselt neli ja see viis raku märgatavalt suurema surmani. "Leiti, et nad põhjustavad 40 protsenti bakteriaalsurmadest, ehkki nad moodustasid umbes 10 protsenti valimis olnud viiruste koguarvust," selgitab üks töö autoritest.
Erinevate liikide vibrobakterid asuvad piki skeemi perimeetrit; nendega on seotud nakatavate viiruste ringid: sinine - "sabaga" bakteriofaagid, oranž - "sabata" Autolykiviridae / MIT, Kauffman jt, 2018.
Need arvud näitavad suurt rolli, mida uus rühm Autolykiviridae mängib bakteripopulatsioonide reguleerimisel ja kogu biosfääris. Teadlased on kindlad, et nende tehnika aitab leida viirusi, mis on varem pinnases ja võimalik, et ka inimese soolestikus avastatud. Sarnaseid geneetilisi järjestusi leidub tõepoolest ka inimese mikrofloora bakterite genoomides.
Reklaamvideo:
Sergei Vassiljev
